HACCPは、以下の手順に沿って進められます。
手順1：HACCPチームの編成
手順2：製品についての記述
手順3：意図する用途の特定
手順4：製造工程一覧図の作成
手順5：製造工程一覧図の現場での確認
手順6：危害要因(ハザード)の分析【原則1】
手順7：重要管理点（CCP）の設定【原則2】
手順8：管理基準(CL)の設定【原則3】
手順9：モニタリング方法の設定【原則4】
手順10：改善措置の設定【原則5】
手順11：検証方法の設定【原則6】
手順12：記録の維持管理【原則7】